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台灣人的祖先是誰？根據學者研究，所有人種的祖先均源自於非洲，後再進行遷移，「台灣之始」的原住民，可能在約1萬4千年前，由東南亞的印尼、馬來西亞一帶遷徙而來。


「從基因、語言及考古學發現，看東亞大陸及台灣島上人類遷移」研討會，今日在馬偕醫院舉行，現場齊聚考古、遺傳學者，與會者以人類的DNA為證，做出台灣人種與東南亞人種相近，且夏威夷一帶的玻里尼西亞人源於台灣的論述。

馬偕醫院教授林媽利表示，根據各國學者研究，人類約在10萬年前起源於非洲，後以西向東、南向北方式進行遷徒，當時各大洲並未有海洋分開，人類以步行方式，到各地生根，成為不同人種。

約在7、8萬年前，從非洲而出的人們，分為兩大路徑遷移，往北走成了歐洲人的祖先，另一群人往東、沿著海岸走，成為亞洲人的祖先，且約在1萬4千年前，有人遷徒至台灣，成為台灣最早的原住民。

為證明上述論述是可信的，研究人員採集台灣10族原住民血液，與各國學者所蒐集的人種血進行組織抗原、細胞激素等13種基因比對，發現，台灣原住民與東南亞族群（如馬來西亞、印尼）關係密切，在基因序列比對中，兩者非常類似。台灣原住民基因型別與東南亞一帶族群相近，這些型別卻鮮少出現於中國大陸族群。

再以台灣原住民血液與夏威夷一帶的玻里尼西亞人比對，序列相距更小，研究人員從此推論，台灣原住民是由東南亞族群的印尼、馬來西亞一帶遷徒而來，後再遷移成為玻里尼西亞人的祖先。

遷移至台灣的原住民，因居住地點不同，再區分為中央山脈族群與東海岸族群，前者以阿美、卑南、雅美族等為主，後者變成布農、魯凱、排灣、泰雅、賽夏等族。

在這項遺傳學研究中，林媽利等人發現，台灣原住民與東南亞族群關係密切、有許多相同的顯著基因，部分族群甚至與新幾內亞族群有關，研究人員也不排除，台灣原住民群可能來源不同，以致分化為不同族群的可能性。