台灣地位未定論的問題吵的沸沸揚揚，教育部長杜正勝11日強調，北京政權一再重申台灣為中國一部份的說法不符事實，他說，17世紀以前中國的地圖中並沒有台灣，直到清帝國派施瑯征服台灣後才納入中國的地圖，且1600年以前很少台灣歷史的記載，因此台灣自古以來與中國不可分割的說法不符事實。

95學年度高中歷史課程綱要草案上網公告後，引起不小的爭議。杜正勝說，17世紀以前中國的地圖中沒有台灣，如果有，就以外國來對待，且文獻的紀錄很零碎，許多歷史資料的記載也不詳盡，直到西元1863年，清帝國派施瑯征服台灣後，台灣才加入中國的版圖。

杜正勝強調，北京政權對外一再重申台灣與中國以來的關係不可分割，但是台灣一直到清朝才納入中國的版圖，顯然北京政權的說法不符合事實的真相。此外，他也提到，課程綱要不受政治的影響，且不是否認開羅宣言。

他進一步表示，課程綱要只是要呈現一個歷史的事實，開羅宣言為一份新聞公報，加上與會人員並沒有在文件上簽名，所以法律效力不高，所以將中日和約、舊金山和約加入綱要中，呈現過去發生的事實。

杜正勝提到，高中歷史主要教導高中生如何認識歷史，中國民國政府在1949年10月10日才到台灣，原本的中國民國以前變成另一個國家，而中華民國來台後，涉及的主權一再改變，且主權在1949年10月10日後就已經不一樣，他也重申，中華民國在台灣是一個不爭的事實。。